在石林地貌的地質演化過程中，石林地區的地理環境也發生了很大變化，經歷了從海洋到陸地、從低地到高原的過程。 隨著緯度和海拔的增高，氣候也從炎熱濕潤的熱帶氣候轉變為現今的亞熱帶高原季風氣候。

石林地區保存和展示了典型的亞熱帶高原喀斯特生態系統。 主要有4種喀斯特森林，即：長綠闊葉林、硬葉長綠闊葉林、落葉闊葉林、暖性真葉林。 常綠闊葉中的高山栲林、滇青岡林等為滇東喀斯特高原的代表性植被類型。 此外石林地區還擁有多種受保護的動、植物。

石林與植被

石林與植被

石林與常綠闊葉林

石林與雲南松林

滇青岡林

高山栲

鐵橡櫟林

皮哨子

清香木

櫨菊木

石林與藤本植物

石林與藻類

石林與地衣

石芽、草地

石芽、森林、濕地

苔蘚

杜鵑

雲南含笑

清香木

扇蕨

海菜花

滇玉蘭

山楂

綠色長湖

白腹錦雞

白腹錦雞

小熊猫

穿山甲